Kolegium Europy Wschodniej zostało założone w roku 2001 z inicjatywy Jana Nowaka-Jeziorańskiego, legendarnego "Kuriera z Warszawy" oraz kilku innych osób i instytucji.
Fundacja w swojej działalności zajmuje się problematyką wschodnioeuropejską, wydaje książki i czasopisma. Jest organizatorem konferencji i seminariów.
Od roku 2014 zarządza XVI wiecznym Zamkiem na wodzie, który stał się siedzibą Fundacji.
W Radzie Fundacji zasiadają bądź zasiadali: Jan Nowak-Jeziorański, prof. Zbigniew Brzeziński, prof. Jerzy Kłoczowski, Andrzej Wajda, Jerzy Bahr, Jerzy Koźmiński, Rafał Dutkiewicz, prof. Andrzej Nowak, Krystyna Zachwatowicz - Wajda, prezydent Gdańska Paweł Adamowicz, dr Adolf Juzwenko, Jan Malicki.
Wieloletnim prezesem Zarządu fundacji Kolegium Europy Wschodniej był współzałożyciel Fundacji Jan Andrzej Dąbrowski. Od 2 lat funkcję tę sprawuje Laurynas Vaiciunas, obywatel Republiki Litewskiej.
Obecny Zarząd fundacji składa się z 3 osób. Tworzą go: Laurynas Vaiciunas, Iwona Reichardt i Jan Andrzej Dąbrowski.
Fundacja posiada biuro w Krakowie, w którym mieści się siedziba redakcji czasopisma New Eastern Europe www.neweasterneurope.eu